Une seule fois, cependant, au cours de l’année 1943, alors que l’accusé était commandant en chef de la Marine, les membres de l’équipage d’une vedette lance-torpilles alliée furent faits prisonniers par les Forces navales allemandes. En vue d’obtenir des renseignements intéressant le contre-espionnage, les services de l’amiral commandant la région les soumirent à un interrogatoire et les remirent ensuite entre les mains du SD qui les fusilla. Dönitz a dit que l’exécution des membres de l’équipage fut faite en violation de l’ordre des commandos, étant donné que leur capture avait été effectuée par la Marine, qu’au reste l’exécution ne fut pas publiée dans le communiqué de la Wehrmacht et qu’il n’avait jamais eu connaissance de l’incident. Il a fait remarquer que l’amiral en question n’était pas sous ses ordres, mais sous ceux du général de l’Armée de terre, commandant les territoires occupés de la Norvège. Cependant, Dönitz permit que l’ordre des commandos restât pleinement valable quand il devint commandant en chef, et c’est dans cette mesure qu’il est responsable.
Dönitz a déclaré, dans une réunion tenue le 11 décembre 1944 : « Douze mille prisonniers des camps de concentration seront employés comme main-d’œuvre supplémentaire dans les chantiers navals. » À cette époque-là, il n’avait pas d’ailleurs le contrôle des constructions navales et il prétend maintenant que c’était seulement une suggestion qu’il fit à cette réunion, qu’il voulait simplement que les fonctionnaires responsables prissent des mesures pour construire des navires, qu’il ne fit rien pour obtenir ces ouvriers, puisque cette question échappait à sa compétence et qu’au reste il ignore si cette main-d’œuvre a jamais été recrutée. Il reconnaît pourtant avoir eu connaissance de l’existence des camps de concentration. Un homme qui occupait une situation telle que la sienne a évidemment dû savoir qu’un très grand nombre d’habitants des pays occupés étaient enfermés dans les camps de concentration.
En 1945, Hitler demanda à Jodl et à Dönitz s’ils estimaient que la dénonciation de la Convention de Genève serait opportune. Dönitz, ainsi qu’en témoigne le compte rendu de l’entretien du 20 février 1945, entre les deux chefs militaires, exprima alors l’opinion qu’un acte de ce genre engendrerait des inconvénients plus importants que les avantages qui en découleraient. L’attitude adoptée par Dönitz est résumée dans cette phrase extraite des notes prises par un officier :
« Il vaudrait mieux mettre à exécution sans préavis les mesures nécessaires et sauver la face, à tout prix, vis-à-vis du monde extérieur. »
Le Ministère Public souligne que lorsqu’il est parlé de « mesures à mettre à exécution », cela signifie que si la Convention ne devait pas être dénoncée, elle pouvait être violée à volonté. L’explication
