À partir de janvier 1943, Dönitz fut consulté presque continuellement par Hitler. Il est prouvé qu’au cours de la guerre, ils se sont rencontrés environ cent vingt fois pour discuter des problèmes navals.
En avril 1945, date à laquelle il reconnaît avoir enfin compris que la lutte était sans espoir, Donitz exhorta la Marine à continuer le combat. Le 1er mai 1945, il devint le chef de l’État et, jusqu’à la capitulation du 9 mai 1945, il ordonna à la Wehrmacht de continuer la guerre à l’Est. Donitz a expliqué qu’en donnant ces ordres il voulait assurer l’évacuation de la population civile allemande et permettre à l’Armée de se retirer de l’Est en bon ordre.
Les preuves ont convaincu le Tribunal de la participation active de Dönitz à la conduite de la guerre d’agression.
Donitz est accusé d’avoir mené une guerre sous-marine totale contrairement aux règles fixées par le Protocole naval de 1936 que l’Allemagne avait accepté et qui posait une fois de plus les règles de la guerre sous-marine, telles qu’elles étaient énoncées dans l’Accord naval de Londres de 1930.
Le Ministère Public a exposé que, le 3 septembre 1939, les sous-marins allemands, méconnaissant cyniquement le Protocole, commencèrent à torpiller tous les navires marchands sans restriction, tant ennemis que neutres et que, tout au long de la guerre, un effort calculé fut poursuivi pour voiler ces méthodes en invoquant hypocritement les règles du Droit international et les prétendues violations de ce Droit commises par les Alliés.
Dönitz insiste maintenant sur le fait que la Marine s’est toujours tenue dans les limites fixées par le Droit international et par le Protocole. Il a déclaré qu’au commencement de la guerre, l’ordonnance sur les prises allemandes, extraite presque textuellement du Protocole, était le code de la guerre sous-marine et que, en accord avec la façon de voir de l’Allemagne, il avait ordonné aux sous-marins d’attaquer tous les navires de commerce voyageant en convoi, ainsi que tous ceux qui refusaient de s’arrêter ou qui, à la vue d’un sous-marin, faisaient usage de leur radio. Quand il eut reçu des rapports signalant que des navires de commerce britanniques avaient donné des renseignements par sans-fil, qu’ils étaient armés et qu’ils attaquaient les sous-marins dès qu’ils les apercevaient, il ordonna, le 17 octobre 1939, à ses sous-marins, d’attaquer tous les navires de commerce ennemis sans avertissement et motiva cette décision par le fait que l’on devait s’attendre à une résistance. Déjà, le 21 septembre 1939, des ordres avaient été donnés d’attaquer tous les navires, les neutres y compris, qui naviguaient de nuit, sans feux, dans la Manche.