À la fin du règne de Marc-Aurèle, le christianisme fait son entrée en Gaule, et, tantôt persécuté, tantôt toléré, gagne sans cesse du terrain : l’évêque de Lyon, saint Irénée, avait envoyé en Séquanie Ferréol et Ferjeux ; mais l’ordre vint de réprimer avec énergie cette propagande, et, sommés de renier leur loi, les deux missionnaires subirent courageusement un supplice cruel, dans le théâtre de Besançon, devant le peuple assemblé (212). Longtemps le monde flotta entre le vieux et le nouveau culte, et, bien après le triomphe de celui-ci, de nombreuses superstitions attestaient encore l’empreinte vivace du paganisme, superstitions qu’il avait lui-même empruntées, en les défigurant, à des religions plus anciennes, dont on retrouve aujourd’hui encore mainte trace, et qui, faisant partie du fond commun de l’humaine ignorance, s’attachent aux symboles mystiques les plus élevés, comme le gui aux chênes, végétation parasite, rouille des âmes, d’autant plus abondante et difficile à extirper que celles-ci s’enfoncent davantage dans la matière et obéissent à l’instinct. Au VIIe siècle, saint Grégoire le Grand écrit à la reine Brunehaut : « Empêchez vos sujets d’offrir des victimes aux idoles, d’honorer des arbres, et de faire des sacrifices avec des têtes d’animaux. » Lorsque Constantin embrassa le christianisme, le clergé prit rang parmi les pouvoirs publics. Vesontio fut le siège de l’évêché métropolitain de la Séquanaise, avec plusieurs évêchés suffragans ; Aventicum (Avenches), Augusta Rauracorum (Augst, près de Bâle), Equestris (Nyon) et Vindonissa (Windisch). La mère de Constantin, qui séjourna quelque temps à Besançon, favorisa la construction des deux basiliques de Saint-Étienne et de Saint-Jean.
Au IVe siècle, surgit un fléau plus redoutable que les pronunciamientos, que les exactions de la fiscalité : l’invasion barbare dont les flots sans cesse renaissans viennent battre la frontière de l’empire et qui finit par faire brèche de tous côtés. La Gaule sera leur premier objectif et leur première proie : Germains, Vandales, Huns, Burgundes, fondent sur elle, avec des fortunes diverses. Établis vers 407 dans les pays situés entre le Haut-Rhin, le Rhône et la Suisse, les Burgundes s’insinuent plutôt qu’ils ne conquièrent, admis par Honorius comme auxiliaires et en qualité d’hôtes, bien accueillis des anciens habitans. Battus ensuite par Aétius et par les Huns, ils fournissent un contingent à l’armée qui vainquit Attila, obtiennent les plus larges concessions du patrice Ricimer, le maître réel de l’empire, dont le roi Gondioc avait épousé la sœur. En dépit des plaisanteries des petits-maîtres d’alors, qu’offusquaient l’odeur et les cris de ces géans frottés de beurre rance, nourris d’ail et d’oignon, à qui la cuiller d’Hercule n’aurait point suffi pour prendre leurs alimens, il est certain que, de bonne
