Léman, et naturalisé français le 14 août 1816, exerçait, dès 1786, la charge de commissaire-auditeur des guerres à Carouges, lorsqu’il fut admis au service militaire en Piémont. Le 15 décembre 1792, il fut nommé, par le représentant du peuple Hérault de Séchelles, capitaine d’une compagnie franche du Mont-Blanc à l’armée des Alpes, et devint chef du 2e bataillon des volontaires nationaux du même département le 1er mai 1793. Il se fit remarquer au siège de Toulon. En récompense de la bravoure et de l’intelligence que Pacthod montra dans toutes les actions qui eurent lieu contre cette ville, et dans l’une desquelles il fut blessé d’un coup de canon, les représentants du peuple, en mission à Toulon, le firent adjudant-général chef de brigade, et lui confièrent le commandement temporaire de Marseille. 5 000 Toulonnais ayant marché contre cette dernière ville, Pacthod se mit à la tête de la garnison, composée de 900 hommes, les repoussa et les poursuivit jusque sous les murs de Toulon, où il entra quelques jours après et rétablit l’ordre. Il revint à Marseille au moment où les égorgeurs s’étaient emparés du fort Jean et massacraient les prisonniers ; il se transporta dans ce fort, arrêta les massacres et fit saisir les principaux assassins. Les représentants du peuple le nommèrent général de brigade le 7 prairial an III.
Dans le mois de vendémiaire an IV, le représentant Fréron lui ôta son commandement et l’envoya à l’armée des Alpes. Le général Pacthod attribua cette mesure arbitraire à une dénonciation adressée à la Convention sur sa conduite contre les révoltés toulonnais, en prairial. À cette occasion, les représentants du peuple dans le département du Mont-Blanc firent le plus grand éloge des qualités morales et des talents de cet officier, noté comme paraissant avoir reçu une éducation distinguée.
En l’an V, le général Kellermann certifia qu’il avait servi sous ses ordres, à l’armée des Alpes, avec beaucoup de zèle et d’activité. En l’an VI, le général Augereau demanda qu’il fût employé et lui confia le commandement de la place de Strasbourg ; réformé par le Directoire, le 5 prairial, par suite des préventions qu’avaient fait naître contre lui les friponneries de son secrétaire qui avait fait de faux bons, le général Pacthod s’en justifia, en faisant observer que le délit avait été commis dans la partie administrative, absolument étrangère à sa surveillance et à sa responsabilité. Les représentants du peuple du Bas-Rhin et l’administration centrale du département certifièrent que personne ne s’était plaint de lui pendant qu’il avait commandé à Strasbourg, et qu’il était généralement aimé et estimé dans cette ville. Mis de nouveau en activité le 15 fructidor an VII, il servit à l’armée de Hollande. Nommé membre de la Légion-d’Honneur le 19 frimaire an XII, électeur du département du Léman, et commandant de l’Ordre le 25 prairial, il passa au 1er corps de la grande armée en fructidor an XIII. Pacthod fit les campagnes des ans XII et XIII à l’armée de Hanovre et celles de la grande armée jusqu’au milieu de 1808. Le 4 novembre 1806, au combat de Crevismulen, Pacthod culbuta l’arrière-garde des Prussiens, et se distingua, les 6 et 7 du même mois, à la prise de Lubeck. Le prince de Ponte-Corvo, à la suite de ces glorieuses journées, demanda pour Pacthod le grade de général de division. Il se couvrit de gloire et contribua puissamment au gain de la bataille de Mohreingen, le 25 janvier 1807, où il reçut un coup de biscaïen à la hanche gauche. À la bataille de Friedland, le 14 juin, le 1er corps, dont le général Pacthod faisait
