L’an. mil. cinq. cens. cinquante. et. quatre.
Clavde. Borget. homme, devost.
Se. présenta. sans. rien. débattre.
Qui. le. premier, pierre, posa.
Avx. fondement. de. ceste. église.
Prions, à. Diev. qvi. reposa.
Que. novs. et. lvy. av. ciel. condvise.
Amen. 1554.
En 1568, les Huguenots, maîtres de Chablis, de Pontigny, et sans doute de Ligny, reculèrent la confection de l’église en brûlant et en vendant tous les matériaux qu’ils trouvèrent à leur disposition. C’est pourquoi les travaux traînèrent en longueur comme on le voit par les inscriptions des vitraux, qui indiquent que les chapelles étaient aux frais des premières familles de Ligny. Voici les restes d’une inscription gothique dans la chapelle de la Vierge… Honorable hôme… Marthe et Françoise Jacob sa femme, demeurant à Ligny, Nicolas et Jean les Marthe, et Claude Rousseau et Mar… enfans de famille. … faicte le 8 de mars 1594. Dans la chapelle des Relevailles, sont représentés trois hommes en habit de religieux, et quatre femmes en habit de religieuses, la face tournée vers l’autel ; tous ont les mains jointes, les femmes seules tiennent un chapelet. On lit au bas : Honorable hôme… Marchand …lly, sa femme, demeurant à… ont faict faire ceste chapelle.
Les sujets qui se font encore remarquer sont une Annonciation, une Visitation, une Nativité avec cette épigraphe : Orta est stella ex Jacob. Le trépas de la sainte Vierge avec cette autre : In parte dei hæreditas illias. Dans la chapelle du confessionnal,
