Les séductions de la cour continuent auprès de l’amiral et de Jeanne d’Albret. Au printemps, cette reine se rend à Blois, où l’attendait la cour. Le traité du mariage de son fils avec Marguerite de France est signé le 11 avril. Elle vient à Paris, au commencement de mai, pour s’occuper des préparatifs des noces. Elle tombe malade le 4 juin et meurt le 10. Son fils, resté en Béarn et qui venait de partir pour la joindre, apprend sa mort en route. Le nouveau roi de Navarre, accompagné de son cousin, le prince de Condé, arrive a la mi-juillet à Paris, où l’amiral l’avait précédé. Les noces se font le 18 août. Le massacre de la Saint-Barthélemy s’exécute dans la nuit du 24 au 25. Le Roi, par les menaces de mort qu’il leur adresse le matin même, oblige le roi de Navarre et le prince de Condé à une abjuration presque immédiate, qui motiva, le mois suivant, leurs lettres de soumission au pape, portées à Rome par M. de Duras. Par la même contrainte, le roi de Navarre écrivit aux Rochelois une lettre que leur porta Biron, et dont ils ne tinrent aucun compte. Il rendit aussi, le 16 octobre, un édit pour rétablir la religion catholique en ses pays souverains ; ce qui y produisit un effet contraire, et excita même des soulèvements anarchiques. Tout concourait alors à rendre la position des deux princes pénible et humiliante.
L’état d’oppression où les suites de la Saint-Barthélemy retenaient le jeune roi de Navarre continue, cette année, avec de nouvelles circonstances non moins pénibles ; telle fut, dès le commencement de février, sa présence forcée au siége de la Rochelle. À la suite de ce siége, les conditions par lesquelles les Rochelois consentirent, le 25 juin, à recevoir Biron pour gouverneur, formèrent un édit de pacification, restreint à quelques villes. C’est dans le même temps que le duc d’Anjou fut élu roi de Pologne. Le roi de Navarre partit pour l’accompagner avec la cour jusqu’à la frontière, mais il resta avec le Roi à Vitry en Perthois. Il revint ensuite à Paris, où le départ du roi de Pologne donna au duc d’Alençon des idées ambitieuses qui furent encouragées par le parti protestant.
