La même année, il fut nommé juge synodal par le concile provincial de Malines; et, l’année suivante, official et juge de la cour spirituelle de l’archevêque Mathias Hovius. Le synode de Malines, en 1609, lui conféra aussi la charge d’examinateur synodal. Par décret du 24 septembre 1611, les archiducs Albert et Isabelle le nommèrent conseiller ecclésiastique du Grand Conseil de Malines. Le 22 juin de l’année suivante, il fut élu à l’unanimité doyen du chapitre métropolitain en remplacement de François Vander Burch, promu à l’évêché de Gand; et lorsque, quatre ans plus tard, ce prélat passa à l’archevêché de Cambrai, il lui succéda également sur le siége épiscopal de Gand. Nommé par les archiducs en 1616, il reçut du Souverain Pontife ses lettres de confirmatiou au commencement de l’année suivante, prit possession du siége dès le 13 janvier, et fut sacré à Malines, le 5 février, par l’archevêque Hovius assisté des évêques d’Anvers et de Bois-le-Duc. Il n’administra le diocèse de Gand que quatre ans environ; en effet, sur la proposition unanime des évêques de Belgique, les archiducs le désignèrent au Souverain Pontife, par lettres du 24 décembre 1620, comme candidat au siége archiépiscopal de Malines, devenu vacant par la mort de Hovius. Boonen obtint ses bulles de translation le 21 octobre 1621, prit possession du siége par procuration, le 26 novembre de la même année, et fit son entrée solennelle à Malines le 24 décembre, après avoir reçu le pallium des mains du nonce apostolique le 15 du même mois.
Dès le premier moment de son administration, le nouvel archevêque s’occupa de la réforme des mœurs et du rétablissement de la discipline ecclésiastique parmi le clergé et les fidèles. Convaincu que l’ignorance est une des sources principales des dérèglements moraux, il mit tous ses soins à la combattre en procurant à ses ouailles les bienfaits de l’instruction. Ce fut pour inculquer au peuple la connaissance des premières vérités de la religion, que l’archevêque et ses suffragants résolurent de faire paraître un nouveau catéchisme plus complet et plus à la portée des fidèles que l’ancien, publié en 1607. Le nouveau catéchisme, imprimé à Anvers, et revêtu de l’approbation archiépiscopale en date du 22 août 1623, se répandit non-seulement dans la province ecclésiastique de Malines, où son usage était obligatoire, mais aussi dans les diocèses voisins. Ce fut encore dans l’intérêt de l’enseignement qu’en 1630 l’archevêque appela à Malines, et plus tard aussi à Bruxelles et à Laeken, les Pères de la Congrégation de l’Oratoire, fondée en France par le cardinal Bérulle, et qu’il montra toute sa vie une prédilection marquée pour ces religieux dont la mission principale était l’éducation de la jeunesse.
Lorsqu’on jette un coup d’œil sur les lettres pastorales et les ordonnances de Boonen, on s’aperçoit sans peine que, tout en favorisant le développement de l’instruction, il ne négligeait aucun des autres moyens en son pouvoir pour moraliser le peuple. Il octroya des statuts aux corporations d’ouvriers, ou métiers, comme on les appelait alors, et, de cette manière, réprima plusieurs abus. Il fonda aussi à Bruxelles une maison de filles repenties. Les nombreuses réunions des évêques et les synodes des doyens ou archiprêtres qui eurent lieu sous son épiscopat fournissent la preuve évidente de sa grande sollicitude pour la réforme de la discipline parmi le clergé. Il s’attacha avant tout à mettre en vigueur tous les décrets disciplinaires portés par le concile de Trente, et publia des règlements touchant la célébration des fêtes, l’observation du dimanche, la prédication, et l’administration des sacrements. On trouve l’analyse sommaire et l’indication de tous ces documents dans le Synopsis Monumentorum du docteur Vande Velde ( t. II, pp. 643-650). Grâce aux efforts de Boonen, les religieux d’Afïlighem, dont il était abbé commendataire en sa qualité d’archevêque de Malines, retournèrent à l’observance stricte et rigide de la règle de Saint-Benoît. Leur exemple fut bientôt suivi par les abbayes de Saint-Denis et de Saint-Ghislain près de Mons, et par celle de Saint-Adrien, à Grammont.
Le zèle et le dévouement que Boonen
