Bormann joua un rôle actif dans la persécution des Juifs, tant en Allemagne que dans les pays occupés. Il prit part aux discussions qui conduisirent à transférer en Pologne soixante mille Juifs de Vienne, avec l’aide des SS et de la Gestapo. Il signa le décret du 31 mai 1941 qui étendait l’application des lois de Nuremberg aux territoires annexés de l’Est. Dans un ordre en date du 9 octobre 1942, il déclara que l’élimination permanente des Juifs des territoires de la Plus Grande Allemagne ne pouvait plus être effectuée par l’émigration, mais seulement par l’emploi d’une « force impitoyable » dans les camps spéciaux de l’Est. Le 1er juillet 1943, il signa une ordonnance qui privait les Juifs de la protection des tribunaux ordinaires et les plaçait sous la juridiction exclusive de la Gestapo de Himmler.
Bormann joua un rôle prépondérant dans le programme de travail forcé. Les chefs du Parti contrôlaient, dans leurs Gaue respectifs, les questions s’y rapportant, y compris l’embauchage, les conditions de travail, de nourriture et de logement. Par sa circulaire du 5 mai 1943, adressée au Corps de chefs politiques du Parti et transmise même aux Ortsgruppenleiter, Bormann donna des instructions pour le traitement des travailleurs étrangers, en soulignant qu’ils devaient être placés sous la direction des SS, quant aux questions de sécurité, et ordonna de mettre fin aux mauvais traitements qui leur étaient infligés jusqu’à ce moment. Un rapport du 4 septembre 1942, concernant le transfert de cinq cent mille ouvrières de l’Est vers l’Allemagne, montre que la direction de ces opérations appartenait à Sauckel, Himmler et Bormann. Sauckel, par un décret en date du 8 septembre, ordonna aux Kreisleiter de contrôler la répartition et l’affectation de ces ouvrières.
Bormann envoya également aux chefs du Parti une série d’ordres relatifs au traitement à infliger aux prisonniers de guerre. Le 5 novembre 1941, il interdit d’enterrer décemment les prisonniers de guerre russes. Le 25 novembre 1943, il ordonna aux Gauleiter de lui rendre compte des cas dans lesquels les prisonniers de guerre étaient traités avec mollesse. Le 13 septembre 1944, il ordonna aux Kreisleiter de se mettre en rapport avec les commandants des camps pour déterminer comment il était possible d’utiliser les prisonniers de guerre dans le cadre du programme de travail forcé. Le 29 janvier 1943, il transmit aux chefs qui lui étaient subordonnés, les instructions de l’OKW autorisant les punitions corporelles et l’usage des armes à feu contre les prisonniers de guerre récalcitrants, ce qui était contraire aux règlements relatifs à la guerre sur terre. Le 30 septembre 1944, il signa un décret qui transférait de l’OKW à Himmler et aux SS la compétence pour les questions ayant trait aux prisonniers de guerre.
Bormann est responsable du lynchage d’aviateurs alliés. Le 30 mai 1944, il interdit de prendre des mesures de police ou d’exercer
