Le 18 octobre 1942, Hitler édicta l’ordre sur les commandos et, le lendemain, fit une note explicative supplémentaire à l’intention des officiers seulement. Le mémorandum qui accompagnait cet ordre était signé par Jodl et les avant-projets avaient été établis par ses services et d’accord avec lui. L’accusé a déclaré dans sa déposition qu’il était fermement opposé à l’esprit de ces directives au point de vue moral et juridique, mais qu’il ne put refuser de les transmettre. Il insiste sur le fait qu’il essaya d’amoindrir les effets de ces mesures en ne faisant pas connaître à Hitler les cas où elles n’étaient pas exécutées. Il parapha le mémorandum de l’OKW, en date du 25 juin 1944, qui maintenait l’ordre après les débarquements de Normandie.
La directive relative au « Cas Barbarossa » contenait un plan d’élimination des commissaires soviétiques, d’après lequel ces derniers pouvaient être exécutés sans jugement, sur la seule décision d’un officier. Un projet, contenant une note manuscrite de Jodl, suggérait que de telles mesures fussent présentées comme mesures de représailles. L’accusé a soutenu néanmoins dans sa déposition que, par la façon dont il a rédigé cette note, il a tenté de s’opposer à l’exécution de cet ordre.
Quand Hitler, en 1945, envisagea de dénoncer la Convention de Genève, Jodl lui fît remarquer qu’il en résulterait plus d’inconvénients que d’avantages. Le 21 février, il lui déclara que le fait d’avoir signé la Convention ne gênait pas la conduite de la guerre et lui cita, en exemple, le cas d’un navire-hôpital anglais coulé en représailles, et qu’il qualifia d’erreur. Il a affirmé avoir adopté cette attitude, parce que c’était la seule que Hitler pût prendre en considération et que les arguments moraux ou légaux ne servaient à rien, il prétend avoir ainsi empêché Hitler de dénoncer la Convention.
Les preuves montrant que Jodl se serait occupé activement du programme de travail obligatoire ont été peu nombreuses. Il eut, en effet, à s’absorber dans ses préparatifs stratégiques. Cependant, dans son discours aux Gauleiter, le 7 novembre 1943, il affirma la nécessité d’obliger, avec une vigueur et une résolution impitoyables, les travailleurs du Danemark, de la France et des Pays-Bas à construire le « Mur de l’Atlantique ».
Par un télétype du 28 octobre 1944, Jodl ordonna l’évacuation de tous les habitants de la Norvège septentrionale et l’incendie de leurs maisons pour les empêcher d’aider les Russes. Jodl affirme qu’il était opposé à ces mesures mais qu’elles furent ordonnées par Hitler et ne furent d’ailleurs pas totalement exécutées. Un document émanant du Gouvernement norvégien déclare pourtant que cette
