Il faut, pour trouver la première institution d’une marine royale, remonter à Richelieu qui décida la création à Toulon d’une flotte de guerre permanente avec un arsenal dirigé par un intendant dit des armées navales du Levant. Colbert développa cette institution en l’appliquant au reste du littoral et plaça des intendans à la tête des arsenaux créés sur plusieurs points de nos côtes, si étendues sur les trois mers. Ces représentans de l’autorité royale furent chargés de construire, d’armer et d’équiper les vaisseaux, d’en entretenir et garder les agrès et munitions, tous soins qui entraînèrent bientôt la création de corps techniques, militaires et administratifs. Peu à peu le personnel des deux premières catégories fut mis, pour en assurer une direction plus compétente, sous les ordres d’un commandant militaire de l’arsenal, indépendant de l’intendant. Dès lors apparut la dualité du chef administratif et du chef militaire. Elle fut, comme on peut le penser, la source de lenteurs, d’irresponsabilités et de conflits.
Arrivant après la révolution, qui avait fait table rase des institutions antérieures, les réformateurs de la période consulaire purent procéder à la réorganisation du pays en pleine indépendance des personnes et des choses. C’est alors que fut institué le préfet maritime, choisi parmi les officiers militaires pour être à la fois le chef et l’administrateur supérieur de l’arsenal. Cette organisation ne tarda pas à remettre l’ordre et l’unité d’action dans nos ports. Après un retour momentané à la dualité de l’autorité supérieure dans les arsenaux, sous la Restauration, préoccupée surtout, en cette occurrence, de faire disparaître une des institutions de l’époque révolutionnaire, une ordonnance royale vint, en 1826, rétablir définitivement les préfets maritimes. Elle fut suivie d’une période d’études à la fin de laquelle, en 1844, parut une ordonnance développant les principes de celle de 1826 et organisant les arsenaux militaires sur la base qui les régit encore aujourd’hui. Actuellement, dans chacun des cinq ports militaires, un vice-amiral préfet maritime en dirige les services, en même temps qu’il est commandant en chef de tout l’arrondissement maritime correspondant. Des chefs de service le secondent : d’abord un contre-amiral, le major général, chargé surtout de ce qu’on appelle les bâtimens en réserve de la flotte ; puis des ingénieurs et officiers, directeurs des constructions navales, de l’artillerie, des torpilles, des travaux hydrauliques ; enfin le commissaire général, chef d’administration, et le directeur
