Dans une charge, un obus éclatant contre le poitrail de son cheval, l’enleva, dit-on, à plus de 20 pieds en l’air, lui cassa le bras gauche et lui fractura les côtes. Ce coup extraordinaire, et qui tient du prodige, fit dire à l’Empereur, en voyant les débris du cheval du général Pajol : « Je fais une grande perte que je ne remplacerai pas de sitôt, et si Pajol en revient, il ne doit plus mourir. »
En 1814, et deux mois après ce fait, il vint, le bras en écharpe, offrir ses services à l’Empereur qui lui confia le commandement de l’armée d’observation de la Seine, de l’Yonne et du Loing. Le 17 février, à six heures du matin, il débouchait des bois de Valence, chassant vigoureusement l’ennemi devant lui jusqu’à son corps de bataille qu’il attaqua, croyant être soutenu par Victor qui devait se trouver là à la même heure. Victor ne parut point, et Pajol, luttant seul contre l’armée ennemie, avait perdu 19 pièces sur 24 et beaucoup de monde, et se disposait à la retraite, quand Bertrand accourut à toute bride, lui recommander de tenir, en lui annonçant le général Gérard qui avait succédé à Victor. Pajol fit alors un effort surhumain, chargea de nouveau sur la route de Montereau, culbuta l’ennemi au milieu d’un feu terrible, lui enleva 5 000 hommes, toute son artillerie, et le poursuivit sur les deux rives de l’Yonne jusqu’à la nuit qui le sauva d’une destruction totale.
Cette charge, l’une des plus belles qu’on puisse citer, valut à Pajol la croix de grand officier conférée sur le champ de bataille. Napoléon lui dit en l’embrassant : « Si tous les généraux m’avaient servi comme vous, l’ennemi ne serait point en France. »
Sous la Restauration, Pajol continua à servir, il organisa et commanda les quatre régiments du roi. En 1815, il fit sa soumission à l’Empereur, dès le 21 mars, distribua la cocarde tricolore à ses soldats, et proposa à Napoléon de marcher immédiatement sur Bruxelles avec les 18 000 hommes de l’armée de la Loire.
Nommé Pair de France, et commandant en chef du ler corps de cavalerie, il entra le 15 juin à Charleroi, se mesura le 16 avec des forces supérieures, et le 17 enleva à l’arrière-garde prussienne 10 pièces de canon, tous ses équipages et un grand nombre de prisonniers. Napoléon le décora du grand cordon de la Légion-d’Honneur. Le 18, il prit Namur, et, entendant sur la grande route de Bruxelles une canonnade terrible dans la direction de Waterloo, il se dirigea de ce côté, arriva vers cinq heures sur la Dyle et informa Grouchy de son arrivée. Celui-ci lui fit dire de passer la Dyle ; mais ce mouvement effectué devint inutile, puisque le 19 on connut le désastre de Waterloo. Pajol proposa de tomber sur le flanc gauche des Anglo-Prussiens avec 36 000 hommes réunis sur un seul point ; mais, n’ayant pu se faire écouter, il fit sa retraite en bon ordre jusqu’à Paris, demanda que cette ville se défendît, avec tant de chaleur que Davoût donna à Excelmans, qui refusa, l’ordre de l’arrêter, puis il suivit l’armée derrière la Loire et fut mis à la retraite sur sa demande le 7 août. En 1830 ce fut Pajol qui prit le commandement en chef de toute l’insurrection qu’il encouragea de toutes ses forces ; mais cet honneur lui fut enlevé par La Fayette, puis par Gérard. Il prit alors le commandement en second. Chargé de poursuivre et de détruire l’armée (environ 14 000 hommes qui entouraient Charles X à Rambouillet), il se mit à la tête des Parisiens armés dont on était bien aise de débarrasser la capitale, réunit environ 1 600 omnibus, gondoles, fiacres et cabriolets,
