La médecine légale et sa pratique ont beaucoup puisé dans ses travaux si précieux.
M. Charcot a énoncé ses opinions philosophiques dans ses ouvrages : De l’expectation en médecine, Parallèle entre la médecine empirique et la médecine scientifique, et dans un de ses derniers articles : La foi qui guérit.
Ses autres travaux : Les difformes et les malades dans l’art, Les Démoniaques dans l’art et d’autres en collaboration avec M. P. Richer, De quelques marbres antiques concernant les études anatomiques, Représentation d’après nature de la danse de Saint-Guy par Breughel, Esquisse de Rubens représentant une démoniaque, expriment sa manière de voir artistique.
M. Charcot fut un des fondateurs des éditions périodiques : Archives de Physiologie normale et pathologique, le Progrès médical, Archives de neurologie, Revue mensuelle de médecine et de chirurgie, Iconographie photographique de la Salpêtrière, Nouvelle Iconographie de la Salpêtrière, Archives de médecine expérimentale et d’anatomie pathologique et aussi un des rédacteurs des volumineuses éditions encyclopédiques, Traité de médecine et Bibliothèque médicale.
