Avec Philippe Ier, la situation a changé. Les papes ont rompu avec l’Empire germanique et ils ont entrepris la réforme morale du clergé, abandonné à tous les abus, à toutes les déchéances, à tous les vices. Cependant Philippe Ier résiste. Quelques années après, Louis le Gros se montre moins énergique dans la lutte contre Rome. Malgré tout, il maintient résolument son droit d’intervention dans les élections ecclésiastiques. Philippe-Auguste (1180-1223), tout éclatant du prestige de ses victoires, accentue encore cette tendance. Il contraint les évêques à se présenter devant sa cour de justice. Il leur enjoint de participer aux frais de la guerre ; soucieux de mettre obstacle aux ingérences pontificales il ne craint pas d’engager pour cela la lutte avec Innocent III ; en un mot, il prépare la naissance d’un esprit laïque et national, en opposition avec les prétentions de la théocratie romaine. Saint-Louis continue son œuvre et ce monarque très chrétien fut un des plus fervents défenseurs de la société laïque.
Loin de plier devant la papauté, il obtient d’elle des concessions. Sous son règne, les ecclésiastiques sont astreints à payer les décimes, douzièmes et centimes. C’est le moment héroïque des Croisades. Le clergé est appelé à prendre sa part des charges qu’elles occasionnent. Saint-Louis obtint aussi que les clercs mariés ou commerçants soient enlevés à la juridiction ecclésiastique.
C’est sous le règne de saint Louis que vécut Guillaume II, cet évêque de Paris qui aurait plutôt sacrifié les intérêts de Rome que ceux de la politique royale.
Les tendances antiromaines de saint Louis étaient tellement connues qu’on lui a attribué la paternité d’un document, considéré aujourd’hui comme apocryphe, et connu sous le nom de pragmatique sanction
