Après ce coup hardi, Magellan donna ordre à chacun de se tenir à son poste et de faire bonne garde pour empêcher les autres vaisseaux de sortir de la baie. Bientôt on aperçut le Saint-Antoine qui dérivait sur la capitane et la Victoire. On supposa que ce bâtiment venait les combattre, et l’on se mit en devoir de repousser l’attaque. La capitane canonna le Saint-Antoine, mais on n’apercevait sur le pont que Quésada armé de toutes pièces, qui marchait comme un furieux, et appelait ses gens à haute voix. Ceux-ci n’osaient se montrer sur le pont, que foudroyait l’artillerie de la capitane. Alors Magellan s’approcha avec ce vaisseau et la Victoire, aborda le Saint-Antoine, et s’empara de la personne du rebelle sans éprouver la moindre résistance. Les gens de la Conception livrèrent Cartagéna.
Le lendemain le cadavre de Mendoça fut écartelé publiquement par les ordres de Magellan. Un conseil de guerre condamna Quésada au même supplice. Quant à Cartagéna, son rang ne permettant pas de le mettre à mort, il fut laissé à terre avec un aumônier de la flotte qui essaya de nouveau de faire révolter les équipages. L’instruction du procès fit connaître une quarantaine de coupables qui méritaient la mort ; Magellan leur pardonna, pour qu’une punition trop rigoureuse ne le rendît pas odieux.
Ces désordres apaisés, Magellan donna ordre à Serrano d’aller reconnaître la côte au sud.
