En 1355, Robert de Bourgogne, comte de Tonnerre, intenta un procès considérable aux religieux, à l’occasion de la justice des terres de Pontigny, de Sainte-Porcaire, de Beauvais, du Beugnon et d’Aigremont, prétendant qu’il était seul seigneur justicier. Quarante-deux ans auparavant, cette contestation avait été réglée par arbitre avec Marguerite, comtesse de Tonnerre : le comte rejeta cet accord ; les religieux firent évoquer leur affaire au parlement par devant le roi de France. Le comte affirmait que de temps immémorial l’abbaye de Pontigny avait été du ressort du comté de Tonnerre ; l’abbé et les religieux disaient, au contraire, que dès le temps de leur fondation, les rois de France, les comtes d’Auxerre, les avaient affranchi de toute juridiction étrangère ; qu’ils avaient toujours joui de la justice haute, moyenne et basse que dans les affaires importantes, leur ressort avait toujours été
octavo, et le troisième quatre cent vingt-cinq ; ils sont d’une écriture fine et très-soignée. C’est l’ouvrage de l’abbé Depaguy. Les chartes, relatives aux archevêques de Sens, aux comtes de Joigny, aux seigneurs de Seignelay et autres, sont à la suite les unes des autres, par ordre de dates.
Les archives du département renferment deux Cartulaires provenant de l’abbaye de Pontigny. L’un est de mille trois cent cinquante-six pages grand in-folio, dont presque toutes les chartes se retrouvent dans les manuscrits de l’abbé Depaguy, avec cette différence qu’elles sont dans un autre ordre et avec de longs titres, que M. Depaguy a supprimés. On lit au frontispice que c’est une copie du grand Cartulaire du quatorzième siècle, qui a été perdu pendant les guerres. Le deuxième Cartulaire, intitulé Copie de l’ancien Cartulaire, est de trois cent quinze pages ; souvent, il n’est qu’une répétition du grand Cartulaire. Il contient aussi quelques chartes, que l’abbé Depaguy a omis dans son Cartulaire.
